墨尔本大学共设有12个学院（Faculty，其中1个已经解散），分别是： 
设计学院（Melbourne School of Design）
文学院（Faculty of Arts），下设：
人文社科学院（Graduate School of Humanities and Social Sciences）
政府学院（Melbourne School of Government）
商业与经济学院（Faculty of Business and Economics），下设：
墨尔本商学院（Melbourne Business School）
教育学院（Melbourne Graduate School of Education）
工程学院（Melbourne School of Engineering）
信息学院（Melbourne School of Information）
法学院（MelbourneLawSchool）
医学、牙医与健康科学学院（Faculty of Medicine, Dentistry and Health Sciences），下设：
牙医学院（Melbourne Dental School）
医学院（Melbourne Medical School）
健康科学学院（Melbourne School of Health Sciences）
人口与卫生学院（Melbourne School of Population and Global Health）
心理学院（Melbourne School of Psychological Sciences）
理学院（Faculty of Science）
理学研究生院（Melbourne Graduate School of Science）
兽医与农业科学学院（Faculty of Veterinary and Agricultural Sciences）
艺术与音乐学院（Faculty of VCA and MCM）
土地与环境学院（School of Land and Environment）：现已解散，其项目并入了兽医与农业科学学院、理学院之中，但作为一个项目的主体仍然存在 [12]